Stargate Universe handelt von einem Raumschiff der Antiker, der Destiny, das vor Millionen von Jahren von den Antikern gestartet wurde, um Stargates im Universum zu verteilen und so eine Erforschung der unendlichen Weiten zu ermöglichen. Bedingt durch ihren Aufstieg geriet der Plan bei den Antiker in Vergessenheit und die Expedition die der Destiny folgen sollte, wurde nie gestartet.

Mit Hilfe des neunten Chevrons gelangt eine Gruppe von Menschen an Bord der Destiny, die immer noch ihren Auftrag erfüllt und Stargates im Universum verteilt. Doch der Rückweg ist für die Gruppe versperrt und die Programmierung der Destiny lässt sich nicht verändern. Immer tiefer dringt das Schiff in das Universum vor, verteilt Stargates und springt dann zum nächsten Ziel. Wer den Abflug verpasst ist gestrandet in der Unendlichkeit ohne Hoffnung auf Rückkehr.

So bleibt den Menschen immer nur eine kurze Zeit um ihre Umgebung zu erkunden, immer in der Hoffnung doch eines Tages eine Möglichkeit zu finden die Erde wieder zu erreichen.

Die Serie wird für eine jüngere Zielgruppe produziert und soll unter anderem über mehr Weltraumschlachten verfügen, als die Vorgänger Stargate SG-1 und Stargate Atlantis es tun.